诸葛亮生平几大疑案
一、手足之疑
当年诸葛珪早死，其子诸葛亮投靠从父诸葛玄，但诸葛玄打算赴任于豫章郡为太守，就任的同行之人还有诸葛亮之弟诸葛均及诸葛亮的二个姊姊，除了诸葛瑾外。诸葛亮与其兄诸葛瑾伯仲之间，为何诸葛瑾得以单身奉养继母远避江东，然后虽被推荐而仕事于孙权，业已荣华富贵，却不顾手足之情。诸葛瑾当初丢弃四位兄弟姊妹的生死不顾，事后生活安稳又不回头寻找，诸葛瑾会不会有遗弃的嫌疑，这不得而知。对诸葛亮而言，这其中的诸葛兄弟相互关系之微妙，耐人寻味。
同时在徐州还有个从弟诸葛诞，在魏国享有盛名，诸葛昆仲之中，诸葛亮、诸葛瑾及诸葛诞在《世说新语．品藻》有：“蜀得其龙，吴得其虎，魏得其狗。”的评价。但诸葛诞从年轻时已担任尚书郎及吏部郎，往来皆俊士名流，当时齐名同称有“四聪”及“八达”之称，还惊动魏明帝下令免官，但是后来又复职出仕，「为御史中丞尚书，出为扬州刺史，加昭武将军。」从经历及住来而言，这诸葛诞的身分背景就不会是凡夫俗子，而是名门世家。诸葛亮自幼孤弱，若有此富贵之远房亲戚，却不就近依求从弟诸葛诞，反随从父诸葛玄远走他乡，诸葛家之间是否有不为人知的矛盾，费人疑猜。
“家兄江东闻，从弟中原达”，但诸葛亮却躬耕陇亩，“淡泊以明志，宁静以致远”。
二、同窗好友
相交而互相提携，曹魏之荀彧引进荀攸、钟繇、陈群、戏志才、郭嘉、严象、韦康、郗虑、华歆、王朗、荀悦、杜袭、辛毗、赵俨及司马懿等人，虽有颖汝区域之限，但举才之中不乏称职闻达之佼佼者；孙吴有张昭、张弦、周瑜、鲁肃及诸葛瑾，也是互相提携，私人引进而来（周瑜介绍鲁肃，邓当介绍吕蒙）；刘备更是喜欢结交豪侠，蜀汉可说是几乎是环绕着刘备个人为中心而组织的团体。以相交情谊来论关系，优劣各半，最差就是结党营社，但最佳也有英雄惜英雄互相提拔的效果。
以交往而言，似乎诸葛亮未能引进亲朋好友，徐庶、石广元及孟公威均仕宦于魏，崔州平也未能封侯拜将，石韬、虚建及司马徽亦未得显要。归纳诸葛亮的用人方向，虽得清高不党之举，但会不会同时也漏失发崛涓滴砂壤的机会，居然不用昔日青青子衿。对时人来说，认识荀彧，还能在曹操集团谋得一官半职；结交周瑜，鲁肃被孙权所重用；反而交游诸葛亮，却不被刘备所用，布衣如故。所谓的荆州集团，诸葛亮却没用半个人来自躬耕时结交的同窗。
三、婚姻嫁娶
若硬说诸葛亮趋附门阀势族，则应攀枝逢迎，在隆中尽结交布衣或隐士，根本无法因关系求得一官半职。此点同样用在娶妻婚姻分析，诸葛亮虽结亲黄家，但未因此而晋身龙门。诸葛家虽与庞家、黄家、蒯家、蔡家、习家及刘表建立姻亲表里，结果这些人大部分都未能加入刘备集团，蒯良、蒯越、庞山民及蔡瑁等人心向曹魏，庞统原先也任职于周瑜麾下，所谓的荆州名士势族，几乎皆投魏而不向刘备。庞统加入刘备还比诸葛亮要晚，诸葛亮亦未藉庞统而接近刘备。因此批评诸葛亮以狭心现实依附势族，但依此看来，这桩所谓政治婚姻所能带来的正面影响，可说是微乎其微。
刘备还有麋夫人与麋竺的政治婚姻，曹操亦为曹整娶纳袁谭的女儿的政治手腕，这些政治婚姻都为刘备及曹操带来相当程度的利益。但是诸葛亮的黄夫人，却不见政治其利，亦未有助于前途的发展。凡事若有因果，则可称之奏效；若是毫无影响，足见当初无心。诸葛亮的婚姻没有带来皇亲国戚的身分，或是政治上升官仕宦的踏石，因此所谓的诸葛亮政治婚姻无效，东汉多的是外戚干政，诸葛亮却未因婚姻而在政治上发展。
四、躬耕居所
至于隆中，原本应属南阳郡管辖，但荆州牧刘表仅治七郡，刚好就少了原荆州八郡之一的南阳郡，当时南阳郡被张绣雄据，而张绣后来投降曹操，南阳郡不是被张绣就是被曹操所统治。襄阳原属南郡所管辖，但是南郡的郡治在江陵，滨临长江水边，反而稍北之襄阳因其地理位置关系，有必要以重兵镇守，所以刘表才亲守于襄阳，以防万一来自南阳的南侵时得以迅速反应。隆中及新野虽属南阳，却离襄阳很近，这也是为什么刘表可以派刘备驻兵于新野，在博望设伪遁伏击以拒夏侯惇及于禁，或是刘备能在南阳郡内出入三顾茅芦，从此可推论隆中及新野皆属刘表的势力范围，虽然南阳仍在曹操统治之下，此为躬地之争。
住在隆中则受到刘表的统治，不会说夹在南阳郡的官吏与襄阳的官吏而无人可管，南阳郡从魏，隶属曹操势力，襄阳为刘表自领，效力早已囊括隆中。若是生活可安定于被曹操所管，诸葛家族也不必远从曹操所治的徐州出走，离乡背井重回曹操势力范围之内。隆中虽名属南阳，但容诸葛亮长期居住，刘备走访寻才，刘表在荆州的影响力不容小觑。
五、儒经治学
两汉经学发达，但师承的区别就足以争议，特别是今古文之争。诸葛亮早年颠沛流离，无博学鸿儒的诲谆及家世背景的支持，无论学习或作学问，先天上不如人，造成起跑点的延迟。刘备尚能向九江太守卢植就读，孙权曾读四经（诗、书、礼记及左传）及春秋外传，曹操本人更是孝廉出身，能诗能赋。但诸葛亮早年父母双亡，生活尚且困难，无瑕精进课业。古文经讲实事求是，没有原文原典，就无缘入门作学问（就算家贫无力购置书册，想拓印太学碑林上的经文也不得要领，因为碑林远在关中长安，而诸葛亮家住徐州。）；今文经尚微言大义，春秋书法全凭教导植基，没有训释引注的协助，百思不得其解。
从教导刘禅的「申子、韩非子、管子及六韬」，这些书极具譬例繁多，适合引起兴趣的启蒙初导，当成看故事说书也行。反而从与刘备会谈之隆中对、向刘琦献策脱身、诣孙权说同盟战赤壁、劝进立王称尊号及议吴称帝不绝盟，诸葛亮引用使用大量的历史前例，所知时代早已超越春秋战国，见识广阔而多方涉猎。相传《将宛》及《便宜十六策》为其兵法作品，记载对治军、用将、君臣及政事的各项见解，议论大于文饰，贯彻「治实而不治名」讲究实际的作风。因此诸葛亮治学似乎没有固定学派，反而为齐众家之大成。
六、《魏略》多误
两种以上不同的记载彼此冲突，在未能肯定谁是谁非之前，不宜铁口直断，骤下结论。正史《三国志》谈刘备「三顾茅芦」寻访诸葛亮，《出师表》也谈刘备「三顾茅芦」寻访诸葛亮，《魏略》却谈诸葛亮「北行见备」。不过《魏略》的地理位置错乱，宛如《三国演义》的「关公过五关斩六将」，方向感有误。刘备若屯兵于樊城，造就成诸葛亮「北行」的条件必须是诸葛亮身在樊城的南方，但诸葛亮隐居于隆中，隆中却在襄阳的西北方，可参考习凿齿的《诸葛亮宅铭》及盛弘之《荆州记》：「襄阳西北十许里，名为隆中，有诸葛孔明宅。」如果诸葛亮从隆中到樊城，方向就变成「东行」或「南下」；或者诸葛亮必须人在樊城的南方，才有办法完成「北行」的任务。樊城的南方有襄阳及江陵等，不知诸葛亮何时何故离开隆中专程南下，再来「北行见刘备」。
其它还有录游户益实兵之差及结髦牛织毦之疑，《魏略》清楚叙述琐事甚细，却无对隆中对有过片言只语，暗有否定诸葛亮不住隆中之意。正如《魏略》还提到刘禅被卖，再由张鲁送回及立太子事，按刘备称汉中王后始立太子，时间在刘备战胜曹操之后，其中曹操还收降张鲁，刘备反而还没机会攻打张鲁。称王登基这种大事所知之人甚多，不会因为消息不详而搞不清楚，那么其它旁门左道的小事，反而知道的太仔细，或许有问题。像《魏略》就把刘禅的名字写成「刘升之」，难怪裴松之对《魏略》传闻之言亦有微词。